Quando nel 1928-1931 Annibale Pugina progettò il nuovo strumento della Basilica, molto più grande dei tre precedenti (a tre manuali e pedaliera), non pensò di tornare alla fonica dell’ultimo Callido, con Principali rotondi e l’equilibrata chiarezza che ne derivava dalla tradizione. Preferì, piuttosto e secondo il gusto proprio dell’epoca, costruire uno strumento chiaramente romantico con preponderanza per i registri di fondi di 16' e 8’.

Quando, all’inizio degli anni 70’ del Novecento e quindi quarant’anni dopo l’ultimo intervento ampliativo del Pugina, si è ritenuto necessario portare avanti un nuovo progetto di restauro e ampliamento dell’organo maggiore, si decise di unire la tradizione organaria italiana con uno sguardo al repertorio moderno. Prima di tale importante intervento, l’organista titolare della Basilica, il M° Pio Nocilli, così volle identificarlo: “Il nuovo strumento […] non sarà, quindi, un ritorno all’organo barocco, ma una sintesi armonica fra il barocco, lo strumento dal suono trasparente, morbido, dolce e dal colore splendente, e il romantico, lo strumento dalle ricche possibilità coloristiche ed espressive.” L’organo inizierà a breve un nuovo percorso di restauro affidato alla Fabbrica Artigiana Organi di Michelotto Francesco (Albignasego, Padova) seguendo il percorso tracciato dal M° Nocilli.

Lo strumento, presenta quattro manuali di 61 note, pedaliera concavo-radiale di 32 note, in consolle separata e spostabile con possibilità di 6 combinazioni aggiustabili.